谢林出生于1775年，1790年进入图宾根大学神学院学习哲学和神学，他的父亲是这所大学的牧师以及东方文化教授。在这里他和黑格尔、荷尔德林成为同窗好友。1792年，他从哲学院毕业。之后他开始研读康德和费希特，两人的思想极大地影响了青年时的谢林。1794年，他出版了一本阐述费希特思想的文章《论一种绝对形式的哲学可能性》(Über die Möglichkeit einer Form der Philosophie überhaupt,On the Possibility of an Absolute Form of Philosophy)。这篇文章获得了费希特本人的认可，这使得谢林在哲学界获得了一定名声。1795年，谢林完成了他的神学学位论文。毕业后，他在莱比锡作过两年私人教师，在这期间他研究了数学、物理和医学，同时研读了维柯和斯宾诺莎的哲学。

1798年，年仅23岁的谢林受聘为耶拿大学的编外教授，讲授自然哲学和先验哲学。在耶拿的日子里，他受到了浪漫主义影响，哲学创作进入了鼎盛时期，写出了他的早期著作《先验唯心论体系》。很快，他成了浪漫派的领军人物，并开始反对费希特的思想，认为它是深奥难懂的。1803年，谢林和他的妻子卡洛琳(Karoline)结婚(这件事造成了他和浪漫派的决裂)，并离开了耶拿。

1803年-1806年间，谢林任维尔次堡大学教授，由于他“好战”的性格，使得他在同僚和政府中有很多敌人。同时他的思想也开始倾向于宗教神秘主义，1804年写了《哲学与宗教》一书。1806年，他移居慕尼黑，找到了美术学院院长等各种职务。1809年，他的妻子去世，同年他写出《对人类自由本质的研究》(Investigations of Human Freedom)。文中他对于神秘主义倾向更加明显，他阐述了康德哲学中对于理性和实践之间的区分，他将自由定义为对善与恶的理解力(a capacity for good and evil)。这部集谢林晚期思想大成的著作受到了黑格尔刻意贬低，没有得到它应有的地位。海德格尔仔细研读了这篇文章并给予了高度评价，他将黑格尔对此文的诬蔑评论为“由此可见，一个伟大的思想家在根上怎么也不能理解另一个同样伟大的思想家，因为他们每个人都有自己独特的伟大之处。”但这篇文章的某种泛神论思想同样受到了叔本华的批评。1820年-1827年任埃尔兰根大学教授，1827年重返慕尼黑执教，并被推举为国家科学院院长。

直到1841年，他被普鲁士国王召回柏林，接替了黑格尔去世后留下的哲学教席。他试图遏制流行的黑格尔哲学浪潮，但没有成功，于1854年前往瑞士的途中不幸去世。谢林生前就已经感觉到自己的名声和思想将会处于黑格尔的威胁和影响力之下，在他去世后的百年间，和黑格尔相比，他的知音寥寥无几。但他获得了海德格尔的至高评价，称他为德国唯心主义的顶峰，而不是黑格尔。