谢林在哲学史上有着无可争辩的重要性，但他也常被认为是风格隐晦，没有条理的。就谢林本人看来，他的哲学可以分为三个时期：

从费希特哲学过渡到强调客观自然的重要性，也就是自然哲学

对精神和自然的同一性、无差别性的思考，发展成同一哲学

对消极的和积极的(negative and positive)的哲学的反抗，思想进而转变成和宗教密切相关的启示哲学

谢林是由费希特哲学进入哲学界的，但他很快就意识到费希特哲学上的不足。在费希特那里，自然作为一种非我，只是由“绝对自我”来设定的，只是人类的一种材料。所以费希特的哲学主要关注自我或人的问题，而对自然、客观世界的重视则成为了谢林早期哲学的起点。

谢林注意到从自我出发的认识论不能构成哲学的全部，他认为如果实在是一种类似人类精神的自我决定过程，那么自然本身就不应该被看成是一种对自我来说无生机的障碍物，即自然应有其内在的理性和目的。自然作为一种和自我有着具有同等地位的实在，那么就需要一种自然哲学来补充费希特的哲学。如果说自然科学观察局部的自然现象，那么自然哲学就应该提供其内在的动力结构和普遍原理，也就是自然成为自然的原因。自然在谢林那里被描述成一种盲目而又无意识的理智，这种理智在同一与差别的矛盾推动下发展，最终产生精神。自然在谢林看来是可见的精神，精神是不可见的自然，而自然本身的表象则体现某种最根本的理智，自然科学的目的就是从表象中总结出其中的理智，最终使这种理智精神化。

谢林的自然哲学往往提供大胆的猜测和论断，使用幻想的比喻和华美的词句，缺乏明证和事实。这种思想促进了浪漫派的想象，使诗人们赋予世界以生命和精神，同时也给当时以机械论占统治地位的学界带来一股新的思潮，受到了自然科学家们和浪漫主义诗人们的欢迎。